Ввиду этого мультисплит-системы не применялись для сложных помещений, где условия в разных комнатах должны иметь заметные различия. В настоящее время в большинстве мультисплит-систем предусмотрены возможности индивидуального режима для каждого из внутренних блоков, что позволяет формировать оптимальный микроклимат в каждом из обслуживаемых системой помещений.
Существуют мультисплит-системы двух типов — фиксированные и наборные. Фиксированные мультисплит-системы производители поставляют полностью укомплектованными, внешние блоки обычно одинаковые. Этот вариант удобен, если все помещения, которые будут обслуживаться системой, имеют значительное сходство по размерам, уровню отопления и теплоизоляции.
Между тем растет популярность наборных мультисплит-системы, которые более удобны, если предполагается обслуживание существенно различающихся помещений. В подобном случае подбираются внутренние блоки, которые по своим функциональным характеристикам в наибольшей степени подходят для каждого помещения. Могут использоваться блоки разного типа, обычно настенные и напольно-потолочные, но иногда применяются кассетные или канальные блоки. При подборе внутренних блоков имеется одно ограничение — их суммарная мощность должна быть соотносимой с возможностями внешнего блока. Мощность рассчитывается по сложной дифференцированной шкале, причем учитывается не столько номинальная мощность блоков, сколько их холодопроизводительность, а также мощность, которая расходуется на другие функции внутренних блоков (осушение/увлажнение воздуха, нагрев, вентилирование и т. д.). Подобные расчеты лучше поручить специалистам.
Конструкция мультисплит-систем определяет особенности их эксплуатации. В случае поломки внешнего блока перестает работать вся система. С целью минимизации этого недостатка внешние блоки мультисплит-систем изготавливаются с более высокими характеристиками износостойкости и их надежности, чем внешние блоки моносплит-систем. Зато использование одного внешнего блока, даже более мощного, позволяет экономить электроэнергию, так как мультисплит-системы потребляют на 10—15% меньше электричества, чем соответствующее количество моносплит-систем.